O Άγιος Ραφαήλ, βρίσκεται Β.Α. και σε απόσταση 12 χλμ από την Λεσβιακή πρωτεύουσα χτισμένος πάνω σε ελαιόφυτο ύψωμα, που φέρει το όνομα "Καρυές". Η σημερινή Μονή χτίστηκε στην θέση Παλαιοχριστιανικής βασιλικής, λείψανα της οποίας υπάρχουν στον χώρο: τοιχογραφίες, κόκκινο πλακόστρωτο δάπεδο, η στοά αγιάσματος, καθώς και η εικόνα του Παντοκράτορα (14ος αιώνας), φύλλα μεμβράνης από χειρόγραφο Ευαγγέλιο και άλλα αξιόλογα εκκλησιαστικά αντικείμενα. Στην μοναστηριακή της ζωή διακρίνουμε τρεις περιόδους: (α) από τον 10ο αιώνα έως το 1235 -έτος καταστροφής της από πειρατική επιδρομή - με τελευταία ηγουμένη την Αγία Ολυμπία, (β) από το 1433 έως το 1463 - έτος καταστροφής της από τους Τούρκους κατακτητές - με τελευταίο ηγούμενο τον Άγιο Ραφαήλ και (γ) από το 1962 έως σήμερα.



Πρόκειται για γυναικεία Μονή, η οποία ανεγέρθηκε και λειτουργεί προς τιμή του Αγίου Ραφαήλ - τα άγια λείψανα του οποίου βρέθηκαν στο χώρο, μαζί με των Αγίου Νικολάου και Αγίας Ειρήνης, οι οποίοι μαρτύρησαν το 1463 - βάσει Ν.Δ. του 1962. Αρχικά ανεγέρθηκε το Καθολικό και ακολούθησε η ανέγερση κελιών, ξενώνων και του ναού της Αγίας Μαγδαληνής. Όλες οι εργασίες και διακοσμήσεις έγιναν με εισφορές και δωρεές χριστιανών και με τις φροντίδες επιτροπής της Ιερής Μητρόπολης Μυτιλήνης. Τα εγκαίνια της Μονής έγιναν το 1969.

Η μοναστική αδελφότητα - έως σήμερα - βρίσκεται υπό την άγρυπνη πνευματική χειραγωγία της ηγουμένης Ευγενίας Κλειδαράς, με σημαντικότατη προσωπική συμβολή στον τομέα των θεολογικών μελετών και έργων. Η πίστη που εκδηλώνεται στους φερώνυμους Αγίους της Μονής, Ραφαήλ, Νικόλαο και Ειρήνη την καθιέρωσε ως πανχριστιανικό προσκύνημα.



Αξιοσημείωτο είναι και το φυσικό περιβάλλον, μέσα στο οποίο βρίσκεται χτισμένη η Μονή: πλούσια χαρακτηριστική βλάστηση ελαιοδέντρων και καταπληκτική θέα στο Αιγαίο και στα απέναντι Μικρασιατικά παράλια. Η Μονή σήμερα με τους συμπληρωματικούς χώρους και περιβόλους αποτελεί έναν μικρό οικισμό της περιοχής, που κατά πολύ συμβάλλει στην οικονομική ευημερία των ευρύτερων οικισμών με την αθρόα συρροή προσκυνητών και κυρίως κατά τους εαρινούς και θερινούς μήνες.